Innehåll:

1. Presentation av Folding@home och av Ubuntu Sveriges team.
2a. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu (FAH-version 7). VERSION 7 REKOMMENDERAS! /ubot 2012-07-16

2b. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu (FAH-version 6.02/6.34).
3. (ÖVERKURS) Konfigurera Folding@home-klienten för 64-bitars flerkärniga processorer.
4. (ÖVERKURS) Konfigurera Folding@home-klienten att använda grafikkortets GPU istället för processorns CPU.
5. (ÖVERKURS) Starta Folding@home-klienten samtidigt som du loggar in i Ubuntu.
6. (ÖVERKURS) Guide för att skapa ett skript som startar och stoppar klienten beroende på skärmsläckarens status.
7. (ÖVERKURS) Förklaring till team-statistiken (WU och Score).
8. (ÖVERKURS) Datorspelet Fold.it (inkl. Linux-klient).

1. Presentation av Folding@home och av Ubuntu Sveriges team:

Jag har skapat ett team som heter Ubuntu Sverige på Folding@home (http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/mai ... num=210289). Folding@home (http://folding.stanford.edu/English/HomePage och http://sv.wikipedia.org/wiki/Folding@home och http://www.youtube.com/watch?v=EZ1XuOgknuE) är ett projekt på Stanford university och som har för avsikt att datoranvändare världen över ska bidra med processorkraft för att hjälpa forskarna hitta förklaringen till svåra sjukdomar som Alzheimers, ALS, cancer, Parkinsons, cystisk fibros m.fl. I praktiken innebär detta att man laddar ner ett program från Folding@home som sedan körs lokalt på datorn. Programmet finns till Linux, Windows XP/Vista/7 och Mac OS X och Playstation 3. Programmet (klienten) använder datorns processor för att utföra beräkningar som hjälper forskarna att förstå hur fel i proteinernas utveckling leder till olika sjukdomar.
Om projektet ska fungera så krävs det att tillräckligt många datoranvändare är med och hjälper Stanfords forskare genom att ladda ner och köra Folding@home-klienten lokalt på datorn. Om tillräckligt många personer hjälper till så kommer "många bäckar små bli till en stor å" och Stanfords forskare får tillgång till en kraftfull "stordator" (http://sv.wikipedia.org/wiki/Distributed_computing). Hjälp Ubuntu Sveriges Folding@home-team med att forska om svåra sjukdomar!

2a. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu (FAH-version 7):

1. Ladda ner fahclient, fahcontrol och fahviewer som deb-filer här: http://folding.stanford.edu/English/HomePage

2. Installera deb-filerna en i taget genom att dubbelklicka med vänster musknapp på deb-filerna i filbläddraren (filhanteraren). Klicka på deb-filerna i den här ordningen för säkerhets skull: 1. fahclient. 2. fahcontrol 3. fahviewer.

3. Se till att programmet GDebi visar installationsprocessen eftersom du måste svara på frågor under installationen av fahcontrol (användarnamn och team-nummer (Ubuntu Sveriges team-id är: 210289)). Navigera mellan alternativen med tangentbordet. Du hoppar framåt med Tabb-tangenten (och bakåt med Shift+Tabb). Markera ett alternativ med Mellanslag-tangenten och acceptera för att gå vidare med Enter.

4. Nu ska FAHControl vara installerat. Ev. så måste du manuellt starta FAHControl för att proteinvikningen ska sätta igång. Öppna programmet FAHControl och undersök programmets inställningar för fler alternativ!

2b. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu (FAH-version 6.02/6.34):

Här är en guide för hur man laddar ner, konfigurerar och använder Folding@home-klienten för att hjälpa Ubuntu Sveriges team att vika proteiner åt forskarna (http://folding.stanford.edu/English/LinUNIGuide)!

1. Öppna en Terminal.

2. Skapa en katalog som du döper till folding i din Hemkatalog:

3. Stega in i katalogen folding i Terminalen:

4. Ladda ner Folding@home-klienten. För 32-bitars Ubuntu så laddar man ner version 6.02 och för 64-bitars Ubuntu så laddar man ner version 6.34.
Hur vet man om man har 32-bitars Ubuntu eller 64-bitars Ubuntu? Använd det här kommandot i Terminalen för att ta reda på om du har ett 32-bitars eller ett 64-bitars Ubuntu installerat: uname -m
Om svaret blir x86 (t.ex. 686 eller 386) så har du ett 32-bitars operativsystem och om svaret blir x86_64 så har du ett 64-bitars operativsystem. Ladda ner 32-bitars eller 64-bitars klienten beroende på vilket system du har installerat:

64-bitars Ubuntu:

32-bitars Ubuntu:


5. Packa upp tgz-filen: eller

6. Sätt exekveringsrättigheter på skriptet fah6:

7. Konfigurera Folding@home-klienten med kommandot:

8. Acceptera standardinställningarna genom att trycka Enter tills du får upp en fråga om nickname. Då skriver du ditt smeknamn som du vill ska synas i Ubuntu Sverige teamets lista över medlemmar (det behöver inte vara samma nick som du har här på forumet om du inte vill). Fortsätt att acceptera standardinställningarna tills frågan om team number kommer upp. Då anger du team number vilket gör att dina proteinvikningar räknas in i Ubuntu Sveriges statistik.

9. Starta Folding@klienten och börja vika proteiner:

3. (ÖVERKURS) Konfigurera Folding@home-klienten för 64-bitars flerkärniga processorer:

Den första guiden visar hur man laddar ner, konfigurerar och kör Folding@home-klienten som unicore, d.v.s. genom att använda en av processorns kärnor. Om man har en flerkärnig processor och ett 64-bitars Linux så går det att köra Folding@home-klienten som multicore, d.v.s. använda mer än en av processorns kärnor till att vika proteiner. Fördelen är såklart att klienten använder mer av datorns CPU och därför arbetar effektivare. Nackdelen är att klienten kommer att belasta systemet mer och att mindre av datorns CPU blir över till datorns övriga funktioner.
Här är en guide för hur man konfigurerar Folding@home-klienten att använda multicore-läget istället för unicore-läget. Tänk på att det här kräver ett 64-bitars operativsystem och att man har laddat ner 64-bitarsversionen av klienten. Jämför stegen här nedanför med steg 7 och 9 i guiden "2. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu.":

Istället för under steg 7 så skriver man (glöm inte att ange nick och team number 210289) och istället för under steg 9 så skriver man Flaggan -smp gör alltså att Folding@home-klienten använder mer än bara en av processorns kärnor vilket leder till högre effektivitet (och därmed mer WU och Score).

4. (ÖVERKURS) Konfigurera Folding@home-klienten att använda grafikkortets GPU istället för processorns CPU:

Använd grafikkortets GPU i Folding@home-klienten på egen risk! Windows GPU-klient är "unstable" och jag tar inget ansvar för vad som händer med ert system eller med er hårdvara!

Jag har testat att köra Windows GPU3-klient med mitt nVidia 8600 GT i Ubuntu 11.04 (i Unity) och det slutade med att grafikkortet blev väldigt varmt och hela Skrivbordet reagerade väldigt långsamt på input från tangentbordet/musen. Jag avbröt därför försöket. Det ska dock enligt uppgift gå att få Folding@homes GPU3-klinet för Windows att fungera i WIne i Ubuntu. Jag har gjort en guide som beskriver hur man använder grafikkortets GPU till Folding@home i Ubuntu. Guiden är mer eller mindre en översättning av den här guiden (http://linuxfah.info/index.php?title=Main_Page) från engelska till svenska.
Här är guiden som beskriver steg för steg hur man använder grafikkortets GPU till att vika proteiner i Ubuntu:

1. För att det ska gå att använda grafikkortets GPU i Folding@home så måste grafikkortet ha stöd för nVidias arkitektur CUDA. Kontrollera att ditt grafikkort finns med på den här sidan över grafikkretsar från nVidia som har stöd för CUDA: http://developer.nvidia.com/cuda-gpus

2. Aktivera ditt grafikkorts proprietära drivrutin i programmet Additional Drivers (Hårdvarudrivrutiner).

3. Om ditt grafikkort har stöd för CUDA och om du har aktiverat grafikkortets proprietära drivrutin så måste du börja med att installera Wine med det här kommandot:

4. För att Linux ska kunna använda CUDA tillsammans med grafikkortet så måste man ladda ner och installera CUDA Toolkit. Man måste använda CUDA Toolkit 3.0 för att allt ska fungera. Skapa en katalog i din Hemkatalog som du döper till CUDA och ladda ner CUDA Toolkit i katalogen. Du gör det här med kommandona: Tänk på att det ska vara 32-bitars CUDA Toolkit 3.0 även om du använder 64-bitars Ubuntu.

5. Sätt exekveringsrättigheter på installationsfilen till CUDA Toolkit 3.0:

6. Installera CUDA Toolkit 3.0 med det här kommandot:

7. För att katalogen .wine ska skapas i din användares Hemkatalog så måste Wine köras en gång först. Starta Wine med kommandot: När programmet Anteckningar (Notepad) har startat så ska du avsluta Notepad igen. Nu ska katalogen .wine finnas i din Hemkatalog.

8. Därefter måste vi ladda ner två filer som "översätter" kommunikationen mellan CUDA i Linux och Windows. Filerna ska laddas ner till katalogen .wine/drive_c/windows/system32 i din Hemkatalog. Du laddar ner filerna med den här raden kommandon: Kontrollera att filerna finns i katalogen med kommandot:

9. Skapa dessa symlänkar genom att köra vart och ett av dessa kommandon i Terminalen en rad i taget:

10. Nu ska vi klistra in sökvägen /usr/local/cuda/lib i filen /etc/ld.so.conf. Det gör man med det här kommandot: Kopiera och klistra in exakt den här raden sist i filen: Spara och stäng filen.

11. Kör kommandot (fråga mig inte varför):

12. Kör kommandona (fråga mig inte varför): Om du får orden "not found" i resultatet i Terminalen när du kör kommandona så har du gjort något fel.

13. Skapa en katalog för Folding-projektet. Använd inte samma katalog som du använder för Folding@home unicore/multicore-klient. Det finns risk för konflikter. Kör det här kommandot i Terminalen:

14. Ladda ner Folding@homes Windows GPU-klient. I guiden som jag har översatt så länkar man till http://www.stanford.edu/~friedrim/.Fold ... XP-631.zip resp. http://www.stanford.edu/~friedrim/.Fold ... ta-631.zip
Dock finns det en nyare version av Windows GPU3-klient på Folding@homes Download-sida här http://www.stanford.edu/~friedrim/Foldi ... XP-641.zip
Jag vet dock inte om den senaste versionen fungerar tillsammans med den här guiden. Jag rekommenderar att ni testar version 6.31 innan ni testar version 6.41. Så här laddar du ner klienten i katalogen folding_gpu: eller

15. Installera programmet unzip för att kunna packa upp zip-filen med klienten i: Det är mycket möjligt att programmet unzip redan är installerat på ditt system. Det kommer apt-get i.s.f. meddela när du kör kommandot.

16. Packa upp Windows-klienten: eller

17. Radera alla dll-filer i som ingick i zip-filen med kommandot:

18. Starta Windows GPU3-klienten i Wine med det här kommandot: Eventuellt måste du byta ut nvidia_g80 mot någonting annat. Om du har mer än ett grafikkort så får du lägga till flaggan -gpu 0 eller gpu -1 beroende på vilken GPU som klienten ska använda. Glöm inte heller att ställa in ditt nick och Ubuntu Sveriges team number/id (210289) första gången du startar klienten.

Om allt fungerar som det ska så kommer Folding@homes GPU3-klient för Windows att köras genom Wine i Ubuntu.

Här är en guide som beskriver hur man installerar Ubuntu Server och sedan Windows Folding@home-klient i Wine utan att ha ett grafiskt gränssnitt (X11) på systemet: http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=54&t=6793 (Tipstack till larsemil som postade guiden på IRC.)

5. (ÖVERKURS) Starta Folding@home-klienten samtidigt som du loggar in i Ubuntu:

Det finns minst två sätt att göra det här på. Jag rekommenderar den första metoden som innebär att man använder Ubuntus program Uppstartsprogram. Det andra alternativet innebär att man använder Uppstartsprogram tillsammans med ett skript.

Metod 1 bygger på att man lägger in ett kommando som automatiskt startar klienten i programmet Uppstartsprogram (Startup Applications). Du lägger till ett alternativ för automatisk uppstart i Uppstartsprogram och skriver in det här i fältet kommando: Eftersom du startar Folding@home-klienten samtidigt som du loggar in så ser du inte hur många % av ett WU klienten har gjort. Det löser man genom att i Terminalen läsa av klientens loggfil med kommandot: där flaggan -f gör att tail "spottar ut" mer information i takt med att klienten fyller på loggfilen med ny information.

Metod 2 använder Uppstartsprogram tillsammans med ett bash-skript för att starta Folding@home-klienten samtidigt som man loggar in. Så här gör du för att starta klienten m.h.a. ett skript:

1. Skapa ett skript som startar Folding-klienten:

2. Sätt exekveringsrättigheter på skriptet:

3. Öppna Ubuntus program Startup Applications och skriv in sökvägen till skriptet i fältet för kommando:

4. Eftersom ./fah6 nu kommer att starta samtidigt som ni loggar in och eftersom klienten körs i bakgrunden så ser man inte hur många procent klienten har klarat av ett projekt. Om man är nyfiken på hur långt klienten har kommit så ser man det med något av dessa två kommandon i Terminalen: eller

Om allt fungerar som det ska så ska Folding@home-klienten i fortsättningen starta samtidigt som du loggar in som din användare i Ubuntu.

6. (ÖVERKURS) Guide för att skapa ett skript som startar och stoppar klienten beroende på skärmsläckarens status:

Jag har gjort ett skript som startar Folding@home-klienten när skärmsläckaren är aktiv och som stänger av Folding@home-klienten när skärmsläckaren är inaktiv. Det här skriptet gör att klienten bara körs när inte någon sitter framför datorn och arbetar med något. Här är en guide för hur man använder skriptet:

1. Öppna en Terminal.

2. Skapa ett nytt dokument som heter folding_screensaver.bash så här:

3. Kopiera och klistra in den här koden i dokumentet folding_screensaver.bash:

4. Ersätt "användarnamn" i raden dir=/home/användarnamn/folding så att ditt användarnamn står med, t.ex: dir=/home/stallman/folding

5. Spara och stäng dokumentet och Gedit.

6. Sätt exekveringsrättigheter på skriptet:

7. Öppna Ubuntus program Uppstartsprogram (Startup Applications).

8. Lägg till ett nytt alternativ och lägg in den här raden under "kommando" i det nya uppstartsalternativet (ändra användarnamn till ditt riktiga användarnamn i Ubuntu):

Om allt fungerar som det ska så ska Folding@home-klienten starta när skärmsläckaren är aktiv och stängas av när skärmsläckaren är inaktiv (d.v.s. när datorn används av någon). Tänk på att det är helt meningslöst att använda det här skriptet tillsammans med skriptet som automatiskt startar Folding@home-klienten samtidigt som man loggar in eftersom det skriptet gör att klienten alltid kommer att köras (oavsett om skärmsläckaren är aktiv eller inaktiv).
Testa om skriptet fungerar genom att logga ut och in igen och sedan sätta igång skärmsläckaren med tangentbordskombinationen Ctrl+Alt+L. Vänta 5 minuter och logga in igen så att skärmsläckaren stängs av och Skrivbordet kommer upp. Öppna filen folding.log i katalogen folding i din Hemkatalog. Om klienten startades och stoppades med skärmsläckaren så ska filen folding.log finnas i Hemkatalogen och innehålla information om när klienten startades och stoppades.

7. (ÖVERKURS) Förklaring till team-statistiken (WU och Score):

Jag tänkte jag skulle ge er lite information om hur Folding@home räknar ut statistiken. Statistiken på Ubuntu Sverige-teamets webbsida (http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/mai ... num=210289) visar WU och Score för alla användare (om man har ställt in nicket rätt med ./fah6 -configonly). Det är lätt att tro att den som har flest WU har höst Score men det ser man på statistiken att så är det definitivt inte. Istället är det på det viset att olika WU är olika mycket värda och hur många Score 1st WU ger beror på hur lång tid det tar att göra 100% på Folding@homes referensdator. Det finns mer information om hur Folding@home värderar olika WU i FAQ på Folding@home-sajten: http://folding.stanford.edu/English/FAQ-Points#ntoc3 Posta en kommentar om ni kommer på hur man väljer om man vill vika WU som ger höga eller låga poäng (tar lång eller kort tid)!

8. (ÖVERKURS) Datorspelet Fold.it (inkl. Linux-klient):
Information: http://svt.se/2.108068/1.2538391/datasp ... s-forskare
Fold.it webbsajt (inkl. Linux-klient): http://fold.it/

Du har hoppat över en hel del som man måste välja.
Jag valde nog fel nickname. Avgammal vana blev det itmannen. Inte det som jag använder här. Men det kanske inte spelar någon roll ?

Men vad pysslar detta med ? Och behöver terminalen vara öppen ?

[18:57:25] Protein: ALZHEIMERS DISEASE AMYLOID
[18:57:25]
[18:57:25] Writing local files
[18:57:35] Extra SSE boost OK.
[18:57:35] Writing local files
[18:57:35] Completed 0 out of 250000 steps (0%)
[19:04:26] Writing local files
[19:04:26] Completed 2500 out of 250000 steps (1%)
[19:11:54] Writing local files
[19:11:54] Completed 5000 out of 250000 steps (2%)
[19:18:51] Writing local files
[19:18:51] Completed 7500 out of 250000 steps (3%)

Vad menar du med att jag har hoppat över saker? Det är bara att acceptera alla alternativ som dom är när du kör ./fah6 -configonly om du inte vill göra några speciella inställningar. Däremot så får du ju ställa in rätt team number och ett nickname (för att Ubuntu Sveriges team ska få credit för dina "vinkningar" och för att ditt nick ska synas på Ubuntu Sveriges team-sida).

Du kan välja vilket nick du vill. Om du vill ändra nick så är det bara att köra ./fah6 -configonly igen och skriva in ett nytt nick när fah6 frågar efter ditt nick. Glöm inte att sätta 210289 som team number bara!

Edit: Vad det sysslar med? Det räknar på proteiners utveckling och laddar upp resultatet till Folding@home när 100% av jobbet är klart. Du får starta folding-klienten med ett &-tecken på slutet om du vill att klienten ska köras i bakgrunden. Du kan stänga Terminalen om du har startar fah6 som en bakgrundsprocess men annars måste Terminalen vara kvar för att skriptet inte ska stängas ner när du stänger Terminalen.
Du kontrollerar med kommandot top att folding-klienten körs på systemet.

Nej det är inte bara att acceptera allt. Man måste skriva in sina val på ett helt gäng ställen. Men spela roll.
Ok så det behöver alltså inte vara samma nickname som här ?

Det behöver inte vara samma nickname som här och du kan trycka Enter för att välja standardinställningar på alla alternativ utom nick och team number där du får skriva någonting.

Ok.

När jag kör detta
Och sen stänger terminalen samt kollar med "top" så är den inte igång ändå.

Testa med mellanrum mellan 9 och &-tecknet.

Genast bättre Tackar.

Det var bra att det löste sig. Det tar lång tid att vika proteiner men klienten fortsätter där den slutade sist man använde datorn när man väl startar Folding-klienten igen.

Det verkar inte vara överdrivet stort intresse för detta ännu. Men det kommer säkert fler som vill hjälpa till lite.

Vi får se hur projektet faller ut efter några veckor/månader. Alla gör ju Folding@home en tjänst genom att hjälpa till att vika proteiner men ska Ubuntu Sverige-teamet klättra i statistiken så krävs att många fler hjälper till.

Fungerade utmärkt. Tack för en bra guide.

Jag har en tämligen kraftfull dator som bara står på "hyllan" sas.
Tror jag ska dra igång den för att dela ut detta.
Den får stå i en skrubb och mysa för sig själv
Men då blir det en 11.10 Server.

Så där ja.
Nu har jag kört igång en separat dator nästan enbart för detta ändamål.
Tänk vad allt går bra och smidigt med Ubuntu-installationer.

Det låter bra det. Vi får se hur projektet tar sig med tiden.

Jag ramlade över något trevligt att nyttja tillsammans med detta.
Nämligen FahMon.
http://fahmon.net/download.html

Men man måste fixa det från source, då det inte finns någon deb att tillgå.
Här är nedladdningslänken:
http://fahmon.net/downloads/current.php?linux
Det blev en hel del plock med beroenden som inte fanns i mitt system.
Men till slut så. Det är bara att vara lite envis ibland.
Där ser man även hur många poäng varje jobb kommer att ge när det är klart.

Intressant tips itmannen! Jag funderar på om det går att se vilka projekt som ger bäst poäng och om det i.s.f. går att i Linux-klienten välja vilket projekt man klienten ska jobba med?
Det hade varit bra om det gick att rikta in klienten på projekt med WU som ger mest Score i statistiken. Går det här tror du?
Om det är möjligt så borde det också vara möjligt att skapa ett skript som automatiskt väljer det bästa alternativet varje gång klienten påbörjar ett nytt projekt.

Via denna sida så ser man alla projekt:
http://fah-web.stanford.edu/psummary.html
Och när man klickar på Description så får man mer info.
Men det kommer inte fram antal poäng förrens man söker efter ett projekt.

Klienten:


Edit:
Nu ligger ni pyrt till grabbar.
Jag har hittat och kör ett projekt som ger 15810 poäng